Kliničko značenje AFP-a, ili alfa-fetoproteina, ovisi o kontekstu u kojem se mjeri. Evo nekih od glavnih kliničkih značenja AFP-a:
1. Detekcija serumskog sadržaja AFP-a kod djece: povećan sadržaj AFP-a kod karcinoma jetre, hepatoblastoma, oblastima gonada, hepatitisa itd.
2. Detekcija serumskog sadržaja AFP kod odraslih: sadržaj AFP je povećan kod 60% ~ 70% pacijenata sa primarnim karcinomom jetre, kao i kod pacijenata sa karcinomom testisa, tumorom jajnika, malignim teratomom, karcinomom gušterače, karcinomom želuca, karcinomom crijeva i rak pluća.
3. Kod pacijenata sa benignim oboljenjima jetre kao što su akutni i hronični hepatitis i ciroza, nivoi AFP u serumu su se povećavali u različitim stepenima, ali većina njih je bila niža od 1000ug/L, što je bilo povezano sa stepenom nekroze i regeneracije ćelija jetre.
4. Porast AFP-a kod benignih bolesti jetre je prolazan i traje 2-3 sedmica. Maligni tumori su stalno povišeni. Stoga, dinamičko promatranje sadržaja AFP u serumu može ne samo razlikovati benigno oboljenje jetre od malignog oboljenja jetre, već i dijagnosticirati rak jetre u ranoj fazi.
5. U fiziološkim uslovima alfa-fetoprotein luče novorođenački naivni hepatociti, dok fetalni hepatociti nisu u potpunosti razvijeni (diferencirani). Velika je količina izlučenog alfa-fetoproteina, koji može ući u krv majke kroz krv iz pupčane vrpce, tako da će trudnice tokom trudnoće biti pozitivne na alfa-fetoprotein.